Kurzus nemzetközi vendég- és részidős hallgatóknak

Kar
Természettudományi Kar
Szervezet
TTK Számítógéptudományi Tanszék
Kód
bioinf1u0um17gm
Cím
Bioinformatika (gy)
Tervezett félév
Őszi
ECTS
3
Nyelv
hu
Oktatás célja
Tudás: a bioinformatika fő eredményeinek elsajátítása Képesség: a bioinformatikai módszerek megértése, használata Attitűd: igény az alkalmazott matematikai tudás gyarapítására, új alkalmazott matematikai ismeretek megszerzésére, kompetenciák elsajátítására, kifejlesztésére. Törekvés a matematikai ismereteinek minél szélesebb körű alkalmazására Autonómia és felelősség: a bioinformatika témakörében elsajátított alapvető ismeretei felhasználásával képes önállóan megválasztani az alkalmazási problémák megoldására alkalmazható módszereket
Tantárgy tartalma
Génszekvenálási technikák. Metagenomikai bevezetés. Mikrobiális diverzitás. Assembly technikák és szintek. Re-szekvenálás és de novo szekvenálás. Hashing. A Burrows-Wheeler transzformáció. Gréfelméleti módszerek: Hamilton, Euler és De Bruijn gráfok. Sorozatok távolsága: Hamming és Levenshtein távolság. Dinamikus programozás. Részsorozat keresés: Knuth-Morris-Pratt és Boyer-Moore algoritmus. Suffix fák. Szekvencia illesztés: Needleman--Wunsch és a Smith--Waterman algoritmusok. A BLAST és változatai. Génektől a fehérjékig: gén-annotáció. Markov modellek. Bevezetés a molekuáris strukturákba. Fehérje-kismolekula dokkolás. Fehérje-fehérje dokkolás. Fehérje interakciós hálózatok.
Számonkérés és értékelés
gyakorlati jegy
Ajánlott irodalom
a kurzus során meghatározott folyóiratcikkek illetve prezentációk

Kurzus szakjai

Név (kód) Nyelv Szint Kötelező Tanév ...
alkalmazott matematikus (TTK-ALKMAT-NMHU) hu 7 2/2
Alkalmazott matematikus MSc - Számítástudomány szakirány (TTK-ALKMAT-SZÁMTUD-NMHU) hu 7
Erasmus program keretében (TTK-ERASMUS-NXXX) en Kötelező
matematikus (TTK-MATEMAT-NMEN) en 7 1/2
matematikus (TTK-MATEMAT-NMHU) hu 7 1/2
Vissza