Kurzus nemzetközi vendég- és részidős hallgatóknak
- Kar
- Természettudományi Kar
- Szervezet
- TTK Számítógéptudományi Tanszék
- Kód
- bioinf1u0um17gm
- Cím
- Bioinformatika (gy)
- Tervezett félév
- Őszi
- ECTS
- 3
- Nyelv
- hu
- Oktatás célja
- Tudás: a bioinformatika fő eredményeinek elsajátítása Képesség: a bioinformatikai módszerek megértése, használata Attitűd: igény az alkalmazott matematikai tudás gyarapítására, új alkalmazott matematikai ismeretek megszerzésére, kompetenciák elsajátítására, kifejlesztésére. Törekvés a matematikai ismereteinek minél szélesebb körű alkalmazására Autonómia és felelősség: a bioinformatika témakörében elsajátított alapvető ismeretei felhasználásával képes önállóan megválasztani az alkalmazási problémák megoldására alkalmazható módszereket
- Tantárgy tartalma
- Génszekvenálási technikák. Metagenomikai bevezetés. Mikrobiális diverzitás. Assembly technikák és szintek. Re-szekvenálás és de novo szekvenálás. Hashing. A Burrows-Wheeler transzformáció. Gréfelméleti módszerek: Hamilton, Euler és De Bruijn gráfok. Sorozatok távolsága: Hamming és Levenshtein távolság. Dinamikus programozás. Részsorozat keresés: Knuth-Morris-Pratt és Boyer-Moore algoritmus. Suffix fák. Szekvencia illesztés: Needleman--Wunsch és a Smith--Waterman algoritmusok. A BLAST és változatai. Génektől a fehérjékig: gén-annotáció. Markov modellek. Bevezetés a molekuáris strukturákba. Fehérje-kismolekula dokkolás. Fehérje-fehérje dokkolás. Fehérje interakciós hálózatok.
- Számonkérés és értékelés
- gyakorlati jegy
- Ajánlott irodalom
- a kurzus során meghatározott folyóiratcikkek illetve prezentációk