Kurzus nemzetközi vendég- és részidős hallgatóknak
- Kar
- Természettudományi Kar
- Szervezet
- TTK Genetika Tanszék
- Kód
- bioinfub17gm
- Cím
- Bioinformatika GY
- Tervezett félév
- Őszi
- Meghirdetve
- 2024/25/1
- ECTS
- 4
- Nyelv
- en
- Oktatás célja
- A hallgatók megismertetése az alapvető bioinformatikai fogalmakkal, és programokkal annak érdekében, hogy a saját kutatásuk és munkájuk során felmerülő bioinformatikai jellegű problémák megoldásában megfelelőképpen hasznosítani tudják az órán megszerzett tudást.
- Tantárgy tartalma
- A Bioinformatika gyakorlatok tematikája – 2018 1. Gyakorlat: Számítógép használata a biológiában: Bevezetés A gyakorlatok menetének ismertetése. A gyakorló bemutatása. Bevezetés a Linux operációs rendszer használatába: grafikus felület, szövegszerkesztők, képmegjelenítők, programindítás. Bioinformatikai szerverek, honlapok. 2. Gyakorlat: Molekuláris biológiai adatbázisok használata Az NCBI adatbázis honlapjának bemutatása. Az Uniprot fehérje-adatbázis megismerése. Információkeresés a molekuláris biológiai adatbázisokban: az NCBI integrált keresőrendszerével. Keresés a Uniprot-on: Retrieve, ID mapping. A UGENE szoftver bemutatása. Szekvenciák keresése és letöltése a UGENE segítségével. 3. Gyakorlat: A számítógépes szekvenciaelemzés alapjai, szekvenciaillesztés Szekvenciakezelés, különböző szekvencia-fájlformátumok. Számítógépes szekvenciaelemző programok, programcsomagok működésének bemutatása az UGENE szoftveren keresztül: Dot-plot, szekvenciák páros és többszörös illesztése. 4. Gyakorlat: Hasonlósági keresések szekvencia-adatbázisokban A BLAST programok használata online és a UGENE szoftverrel. Szekvencia hasonlósági keresések távoli adatbázisokban. Az eredmények értékelése, letöltése, illesztése és szerkesztése. 5. Gyakorlat: Molekuláris filogenetikai elemzések a gyakorlatban A PHYLIP programcsomag működésének bemutatása. Online használható szoftverek. Filogenetikai rekonstrukció elvégzése távolság alapján (UGENE) és maximális parszimónia módszerrel (online). Fák megjelenítése és szerkesztése a FigTree programmal. 6. Gyakorlat: Molekuláris filogenetikai elemzések a gyakorlatban Az adatainkra leginkább illeszkedő evolúciós modell kiszámítása. Filogenetikai rekonstrukció elvégzése maximális likelihood és Bayes statisztikai módszerrel (UGENE). Az NCBI Taxonomy adatbázis megismerése, taxonómiai besorolás letöltése külső szoftverrel. A számított fák összehasonlítása a taxonómiai besorolás alapján kapott fával. 7. Gyakorlat: Genom adatbázisok Az ensembl genom adatbázis megismerése. A Biomart rendszer használata. 8. Gyakorlat: Ízelítő a haplotípus rekonstrukcióból PHASE v2.1 program bemutatása: genotípus adatok, input adatformátum, parancssor, paraméterek és output adatformátum. Család (trio) input file létrehozása, hozzá tartozó parancssor és output kiértékelése. Populációs input file parancssora és outputja. 9. Gyakorlat: Cytoscape I. Bevezetés a Cytoscape hálózatelemző és ábrázoló program használatába. 10. Gyakorlat: Cytoscape II. Szövetspecifikus hálózat készítése Cytoscape programmal. 11. Gyakorlat: Cytoscape III. Dinamikus molekuláris hálózat szimulációja. 12. Gyakorlat: Fehérjék szerkezeti bioinformatikája Ismerkedés a PDB adatbázissal: szerkezetkeresés, letöltés. Térszerkezeti adatok megjelenítésére alkalmas programok. Az egyes régiók, aminosavak, oldalláncok kiemelése. Szerkezetek összehasonlítása. 13. Gyakorlat: Gyakorlati konzultáció a beadandó feladatokról
- Számonkérés és értékelés
- Gyakorlati jegy: Feltétele: Aktív részvétel a gyakorlatokon. (A gyakorlatokról maximum 3 alkalommal lehet hiányozni. Jegyzőkönyvet nem kell beadni.) Egy gyakorlati beadandó feladat elkészítése a félév végén, a gyakorlatokon elsajátított tudás és eredmények felhasználásával. A beadandó feladatokat 3 fős szabadon választott csoportokban készítik el a hallgatók.
- Irodalomjegyzék
- Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition by Jonathan Pevsner, ISBN: 978-1-118-58178-0, Oct 2015, Wiley-Blackwell