Kurzus nemzetközi vendég- és részidős hallgatóknak
- Kar
- Természettudományi Kar
- Szervezet
- TTK Genetika Tanszék
- Kód
- bioinfub17gm
- Cím
- Bioinformatika GY
- Tervezett félév
- Őszi
- Meghirdetve
- 2024/25/1
- ECTS
- 4
- Nyelv
- en
- Oktatás célja
- Kompetenciák: - Tudás: o Ismeri a főbb biológiai (szekvecnia, genomi, fehérje) adatbázisok tartalmát. o Ismeri a főbb bioinformatikai fájl formátumokat. o Ismeri a hálózat- és rendszerbiológia alapjait, tud hálózatot ábrázolni, elemezni. o Érti az alkalmazott bioinformatikai algoritmusokat. o Tisztában van a modern biológiai vizsgálati módszerek alkalmazási területeivel, érti módszerek fejlesztésének jelentőségét, ahhoz lehetőségei szerint érdemben hozzájárul. o Rendelkezik rendszerszerű természettudományos ismeretekkel. o Ismeri az összefüggéseket a különböző tárgyak keretében elsajátított ismeretkörök között, érti az interdiszciplináris megközelítés fontosságát. - Képesség: o Megtalálja a főbb biológiai adatbázisokban a keresett információt, képes róluk fileokat letölteni. o Képes szekvenciákat hasonlóság alapján keresni, illeszteni. o Tud homológ szekvenciák alapján filogenetikai fát számolni. o Tudja használni a bioinformatikai elemzéséhez szükséges szoftvereket. o Képes a bioinformatika és a nagy-áteresztőképességű genetikai módszerek témakörében szakszerűen kifejezni magát mind szóban, mind írásban. o Tudományos szempontok szerint képes rendszerezni adatokat, ismerethalmazokat, azokat elemzi és értékeli. o Képes a különböző természettudományos szakterületek tudás- és ismeretanyaga közötti összefüggések felismerésére, integrációjára. - Attitűd: o Betartja és betartatja a kutatásetika szabályait. o Aktívan terjeszti a szaktudomány eredményeit, ismereteit akár a médiában is magabiztosan teszi közzé, szakmai álláspontjának védelmében szükség esetén síkra száll más irányzatok és az áltudományok képviselőivel szemben. o Nyitott az új biológiai és más természettudományos kutatási eredmények megismerésére, a szakmai együttműködésre. Törekszik a meglevő eredmények továbbfejlesztésére, aktívan segíti új kutatási irányok kialakulását. o Elkötelezett a minőségi munkavégzés iránt, igényes saját maga, valamint munkatársainak szakmai ismeretei és előmenetele ügyében. o Szakmai és nem szakmai körökben felelősen nyilvánít véleményt biológiai, bioinformatikai és nagy-áteresztőképességű módszerek kérdésekről. o Korszerű számítógépes környezetet tart fenn, segíti a folyamatos módszertani és technológiai megújulást a minél hatékonyabb munkavégzés érdekében.
- Tantárgy tartalma
- A kurzus célja a klasszikus bioinformatika és a modern, nagy-áteresztőképességű módszerek adatfeldolgozásának kivitelezése, a biológiai adatbázisok megismerése, molekuláris filogenetikai számítások végzése, neurális hálózatok alkalmazása és a fehérjeszerkezetek prediktálása, megjelenítése. A gyakorlat fontosabb témái: (1) Molekuláris biológiai adatbázisok alkalmazása, (2) Hasonlóságkeresés és a szekvenciák illesztésének alapjai, (3) Molekuláris filogenetika a gyakorlatban, (4) Genom adatbázis és böngésző, (5) Mikroarray és RNA-seq adatok elemzése, (6) A Cytoscape hálózatelemző szoftver alkalmazása, (7) A neurális hálózatok alkalmazásának bemutatása, (8) Fehérjeszerkezetek előrejelzése, (9) Fehérjeszerkezetek megtalálása és megjelenítése, (10) Csoportos projektmunka készítése.
- Számonkérés és értékelés
- gy5 = gyakorlati jegy (5) A hallgatók három fős csoportokban projekt munkát végeznek, ahol az év közben a gyakorlatok során kapott eredményeiket összegzik, elemzik együttesen és oldanak meg újabb, kapcsolódó bioinformatikai feladatokat. Erről egy írásos dokumentumot nyújtanak be.
- Irodalomjegyzék
- Órai tananyag: gyakorlat leírások, videók, kérdőívek (gyorsan változó szakterület, minden évben frissül)