Kurzus nemzetközi vendég- és részidős hallgatóknak
- Kar
- Természettudományi Kar
- Szervezet
- TTK Növényrendszertani, Ökológiai és Elméleti Biológiai Tanszék
- Kód
- szammosb17gm
- Cím
- Számítógépes modellezés a biológiában GY
- Tervezett félév
- Tavaszi
- Meghirdetve
- 2024/25/2
- ECTS
- 6
- Nyelv
- en
- Leírás
- A tárgy gyakorlati ismereteket ad a számítógépes modellezés teljes folyamatáról, a tervezéstől az implementáción át az eredmények biológiai értelmezéséig. A közös bevezető (a modellezés alapjai, R programozás alapjai) után a hallgatók egy-egy kiválasztott modellezési feladatot dolgoznak ki 3-4 fős csoportokban a teljes szemeszter alatt. A választható témák (modulok) mindegyikéhez rendelkezésre áll néhány oldalas háttéranyag és a programozás kiindulópontjául egyszerű alapprogram. A témaválasztékban szerepel egyebek mellett többféle populációdinamikai és populációgenetikai modell, járványtani modellek, vírusdinamika, a kooperáció evolúciója stb. A technikai készségek (programozás) mellett nagy hangsúlyt kap az eredmények értelmezése a modellezett biológiai rendszer keretén belül. Az értékelés alapja az egész féléves teljesítmény, a félév során kidolgozott számítógépes modell, illetve az utolsó órán az eredményekből tartott rövid prezentáció. A közös bevezető nyelve angol (igény esetén magyar nyelvű konzultációval), majd a csoportmunka (és a félév végi előadás) a kurzusfelvétel nyelve szerinti bontásban történik magyarul vagy angolul. A kurzus során a csoportmunka oktatói támogatással, de az idő jelentős részében önállóan zajlik, így elsősorban azoknak ajánlott, akik hajlandók jelentős időt és energiát szánni rá.
- Oktatás célja
- A tárgy gyakorlati ismereteket ad a számítógépes modellezés teljes folyamatáról, a tervezéstől az implementáción át az eredmények biológiai értelmezéséig. A matematikai/szimulációs modellek fejlesztésének alapjai mellett a résztvevők a csapatmunka, az önálló forrásfeldolgozás és a szóbeli prezentáció készségeit is gyakorolják.
- Tantárgy tartalma
- Az első órákon a modellezés, valamint (a hallgatók előzetes ismeretei alapján opcionálisan) a szabadon hozzáférhető R programnyelv (illetve általában a programozás) alapjaival ismerkednek a hallgatók (az R programnyelv alap szintű ismerete előny, de nem előfeltétel). A további órákon pedig egy kiválasztott modellezési feladatot dolgoznak ki 3-4 fős csoportokban. A választható témák (modulok) mindegyikéhez rendelkezésre áll néhány oldalas háttéranyag és a programozás kiindulópontjául egyszerű alapprogram. A témaválasztékban szerepel: logisztikus populációnövekedés, járványtani modellek (folytonos-determinisztikus, diszkrét-sztochasztikus, hálózati), HIV-modellezés (szervezeten belüli folyamatok, paraméterbecslés), az optimális ivararány evolúciója, térbeli modellek (gazda-parazita dinamika, illetve játékelméleti konfliktusok), sokváltozós populációdinamika (komplexitás és stabilitás kapcsolata); a lista a jövőben bővülhet. A technikai készségek (programozás) mellett nagy hangsúlyt kap az eredmények értelmezése a modellezett biológiai rendszer keretén belül.
- Számonkérés és értékelés
- Az érdemjegy a félév során végzett munka és a félév végén a műhelymunka eredményeit bemutató hallgatói előadás értékeléséből tevődik össze.
- Irodalomjegyzék
- A https://tb.ethz.ch/education/learningmaterials/modelingcourse.html honlap modulleírásai, illetve (opcionálisan) az azokban feltüntetett szakirodalmi források.